På Capri lät han bygga sitt drömhus Villa San Michele. Villan blev snabbt omtalad på grund av sina samlingar av antikviteter och blev tidigt ett besöksmål för Munthes umgängeskrets av kungligheter och olika kulturpersonligheter. Dess berömmelse spreds snabbt över världen då han gav ut Boken om San Michele (1929). Fortfarande vallfärdar besökare hit från hela världen.
Redan 1892 tillfrågades Munthe om han ville bli kronprinsessan Victorias läkare. Hon hade sedan länge haft problem med luftvägarna. Han utsågs då officiellt till kunglig livmedikus. Att sköta Drottning Victoria upptog allt mer av hans tid och hon tillbringade mer tid tillsammans med honom än med sin make Kung Gustaf V och sina barn. Hon levde sin mesta tid i Italien och på Capri.
I sitt testamente donerade Axel Munthe Villa San Michele till svenska staten. Den ägs och förvaltas nu av Stiftelsen Villa San Michele.
Kristina Kappelin är journalist och författare och en av Sveriges främsta Italienkännare som under många år bevakat Italien för svenska medier. Sedan 2018 är hon intendent och VD för Villa San Michele. Kristina Kappelin har skrivit flera böcker om Italien, bland andra Berlusconi italienaren (2010), Italiensk dagbok (2014) och Påven som kom ner på jorden (2016).
